GIST（消化管間質腫瘍）は患者さんの数が少なく、また、GIST自体が一般ではっきり認識されるようになったのもごく最近です。GISTの正確な発生頻度は不明ですが、日本における再発あるいは切除不能のGIST症例は1,000～1,500人／年と推計されています。
一方、GISTの多くは、粘膜下腫瘍として切除された後に組織検査によって初めて明らかになります。切除後の経過観察例から、再発を起こさないGIST症例の数はかなり多いことが知られており、GISTの実数は上記の実数をかなり上回ると考えられています。
GISTの臓器別発生頻度では、胃が60～70％と最も多く、次いで小腸20～30％、大腸5％であり、食道はほとんど認められていません。
